私たちが普段過ごしている水圏動物学研究室では，教授の山本先生や助教の萩尾先生たちのグループは解剖学がメインのため，顕微鏡標本作製→顕微鏡写真撮影が行う事のメインです。その一方で阿部は生理学実験（イメージング・電気生理）や行動実験がメインのため，解析には様々な数値をグラフ化したり，統計解析を行う必要があります。
そのようなデータ解析を行うには，エクセルでぽちぽちと計算やグラフ作成をしていたのでは処理能力不足ですので，日常，様々なグラフ描画・統計処理ソフトウェアを使用します。
私（阿部）が日常，データを眺めたり，グラフを書くときに使用しているのは以下のようなソフトウェアたちです。
今日はそのなかでもRの使い方について，私が日常操作を忘れたときに辞書代わりに使っているサイトを紹介します。＞ほぼ自分のための覚え書きです.
【目次】
統計学入門ページいろいろ
- 統計学入門 ——あなたにも統計学がわかる！……かもしれない——
- データ分析のための統計学入門
- Seeing Theory: A Visual Introduction to Probability and Statistics
- ダメな統計学
- 現在の「統計学に対する典型的な 誤解」など)が満載されていますが、まずは一通り統計学を学んだ後でないとどこが大事なのかわからないので、演習受講者は「最後に」読んでください
- マイナーだけど最強の統計的検定 Brunner-Munzel 検定｜ほくそ笑む
- 内部生の人は生物情報処理演習の検定の回では，正規性や等分散性の検定を経てから検定法を選ぶことを習ったと思いますが，端からWelchのt検定を使うか，ノンパラメトリックであれば等分散性を考慮しなくて良いBrunner-Munzel検定を使うことを阿部はおすすめしたいと思います。
いろんな先生方が作成されたR入門ページ
- Rビギナーズガイド（下の石川先生のガイドより更に初心者用）
- パソコンそのものを使うのに苦手意識がある学生さんはまずこちらを参考にするのがよいかもしれません
- Rを用いたデータ解析の基礎と応用（名古屋大学理学部 石川由希先生）
- 初心者向けにかみ砕いて説明されているので特におすすめです。
「よくあるエラーについての説明」がわかりやすいです。
- 初心者向けにかみ砕いて説明されているので特におすすめです。
- R入門
- Rの基礎から応用（Markdown，GIS，ネットワーク分析，Shiny）まで網羅的なWEB教科書
- 統計解析ソフトRのスクリプト集
- Rのスクリプト作成時の注意点とエラーへの対処
- 教育発達科学研究科心理発達科学専攻の石井秀宗先生のHPから
- 全学教養のデータサイエンス科目での演習を担当されているので、かなり充実したマニュアルになっています
- 私たちのR
- 宋財泫 (関西大学)・矢内勇生 (高知工科大学)先生によるRプログラミングの「入門書」
- R言語入門（瓜生真也さん）
- 疫学や公衆衛生に関わる業務のための R
- biopapyrs
- Heavy Watal
- Bioconducterとかのインストール方法などが詳しいのでバイオイオフォ関係の方はよくご覧になるのでは（阿部は得意ではないですが）
- Kazutan.R
- データ前処理の方法やRマークダウン，DTパッケージなどの解説
- The R for Data Science textbook
Rのインストールとトラブル関係
- RとRStudioのインストールの解説（高知工科大 矢内勇生先生）
- 現在ネットで公開されている中で最も懇切丁寧な解説だと思います
- RとRStudioをインストールするときのつまづきポイントとその対処法へのリンク
- RStudioが上手く起動しない時の対策
- RStudio Cloud
- 自分のコンピュータにインストールせずにクラウドでRStudioが利用できます
チートシート
Rには機能を簡潔に纏めた「チートシート」というのが各種作成・公開されています。A4裏表でまとめられていますので，気に入ったものを打ち出しておくと何かと便利です。
きれいなグラフを書くノウハウがまとめられたサイトたち
- RCHARTS
- R Graph Gallery
- Rを使った様々なグラフの書き方が紹介されています
- DataViz protocols：An introduction to data visualization protocols for wet lab scientists
- Modern Data Visualization with R
- グラフ作成の教科書
- awesome-r-dataviz
- Rでのデータ可視化に特化したパッケージ、資料へのリンク集
ggplot2（グラフ作成パッケージ）
- From data to Viz | Find the graphic you need
- こんなグラフを作りたい，というときに必要なggplot2コードサンプルをみつけることができます
- ggplot2 の自分用メモ集を作ろう – Triad sou.
- ggplot2による可視化入門
- 上のKazutan.Rの中から
- ggplot2 cookbook by Winston Chang
- ggplot2の図をパネル状に並べる (cowplot, patchwork, egg, ggpubr)
- patchworkを使って複数のggplotを組み合わせる
- ggsci: Scientific Journal and Sci-Fi Themed Color Palettes for ggplot2
- ggstatsplot: ggplot2 Based Plots with Statistical Details
- ggridges: Ridgeline plots in ggplot2
(データの分布を視覚化するのにお勧めです） - R言語:ggplotのGUIをまとめてみる
- A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R – Cédric Scherer
- Fundamentals of Data Viz by Claus Wilke
- The Art of Data Science by Roger D. Peng & Elizabeth Matsui
- Data Visualization by Kieran Healy
- BBC Data Journalism team
tidyplots（ggplot2ラッパーで論文クオリティのグラフを手早く作成できる）関係
- tidyplots by Jan Broder Engler
Tidyplots: publication-ready plots for scientific papers- 紹介記事
- 阿部による紹介（その１）
- 阿部による紹介（その２）
- 阿部による紹介（その３：実験データのプロットと理論曲線への当てはめ）
- tidyplotsを試す QiitaのR言語 Advent Calendar 2024から
- tidyplotsとggplot2のグラフ描画に対する考え方の違い
- tidyplotsでggplot2のエコシステムを使いグラフをpatchworkで横に並べる
R Markdown（Rのコードと説明を一括して記述できるフォーマット）
- R Markdown入門
- R Markdown入門
- R MarkdownでShinyを利用する
- RBookdown
- RMarkdownを使って書かれた書籍へのリンク
Rコマンダー（RをGUIで使用する）
- RCommander
- EZR
- 自治医科大学附属さいたま医療センターが公開している生物統計向けRコマンダーの機能拡張パッケージ
- RcmdrPlugin.KMggplot2 Package
- 慶應義塾大学病院 臨床研究推進センター 生物統計部門 長島健悟先生が公開している，
Rコマンダーでggplot2を使ったグラフを作成できるようにする機能拡張パッケージ
- 慶應義塾大学病院 臨床研究推進センター 生物統計部門 長島健悟先生が公開している，
他のRをGUIで使用するソフトウェアたち
- JASP 日本語リソースもあってオススメ！
- RKWard
- jamovi
- R AnalyticFlow
- Exploratory
その他（未整理）
- DataEditR
- RでExcel風にインタラクティブにデータ編集するGUIパッケージ
- エレベータのブザーは鳴るか―大学生のための統計学入門
- 京大院医学研究科が無料公開してる動画。
- 平均/分散/標準偏差/回帰直線を中心に、データサイエンスでも重要な記述統計学の基本が学べる。
- 「統計で容疑を晴らす」、「地球の大きさを測る」等のストーリーで学べる。